Erreger der equinen granulozytären Ehrlichiose ist Anaplasma phagozytophilum (ehemals Ehrlichia equi), ein obligat intrazelluläres gramnegatives, kokkoides Bakterium. In Europa steht die durch Zecken übertragene granulozytäre Ehrlichiose im Vordergrund; nach Inokulation kommt es zu einer lymphogenen oder hämatogenen Ausbreitung mit anschliessender Besiedlung der Zielzellen: neutrophile und eosinophile Granulozyten.

Initiale klinische Symptome sind Fieber, Apathie, Gliedmassenödeme und Bewegungsunlust; labordiagnostisch findet man Thrombozytopenie, milde Anämie und Hyperbilirubinämie. Adulte Tiere > 4 Jahren zeigen eine deutlichere Ausprägung der Symptome als jüngere Pferde. Nach überstandener Erkrankung entwickeln die Pferde eine über ca. 2 Jahre belastbare Immunität; diese ist dabei unabhängig von einer latenten Infektion oder einem Carrierstatus.
Der DNA-Nachweis gelingt im EDTA-Blut erkrankter Pferde ca. 5 Tage nach Inokulation, d.h. zeitgleich mit Einsetzen des Fiebers, während der mikroskopische Nachweis der Blutparasiten erst ca. 5 Tage nach Beginn der fieberhaften Erkrankung möglich ist.